Die Aufgaben und die Geschäftsführung des ZEB werden von einem gewählten Vorstand wahrgenommen. Dem Vorstand gehören zwei Sprecher, ein Kassenwart und fünf weitere Vorstandsmitglieder an. Dies sind je eine Vertretung (Fachvorstand) für die Grundschule, die SEK I, die gymnasiale Oberstufe und die berufsbildenden Schulen sowie eine Vertretung für Sonderpädagogik.